Em setembro de 2006, a Square Enix anunciou Kingdom Hearts II Final Mix, que contaria com novas cenas e elementos de jogabilidade. Assim como no primeiro relançamento, esta versão combinaria o áudio em inglês com o texto em japonês e também usaria a música-tema “Sanctuary” em vez de “Passion”. As novas cenas, porém, tinham dublagem em japonês, pois apresentavam principalmente membros da Organização XIII de Kingdom Hearts: Chain of Memories, que ainda não tinham dubladores em inglês. Essas cenas foram posteriormente redubladas em inglês para o lançamento de HD 2.5 Remix.