Thracia 776 ocorre durante os eventos de Fire Emblem: Genealogia da Guerra Santa: durante a Genealogia da Guerra Santa, no ano Gran 761, o governante de Grannvale, Arvis expandiu o domínio de seu país em toda a Jugdral. Thracia 776 se passa no enredo da segunda geração, enquanto o príncipe exilado Seliph ainda está escondido e se preparando para lutar contra o domínio de Arvis no continente. O protagonista principal Leif é o herdeiro deposto da República de Manster, que foi resgatado de um ataque das forças da Trácia por Finn, um amigo do pai de Seliph, Sigurd. Passando a maior parte de sua vida fugindo, Leif finalmente encontra abrigo na vila de Fiana. Um dia, os protetores do aldeão estão expulsando os bandidos quando Raydrik, o novo duque de Manster, ataca a vila em busca de Leif, sequestrando os amigos de Leif, Nanna e Mareeta. Devastado pela destruição da cidade e pelos sequestros de seus amigos, Leif decide enfrentar as forças da Trácia e retomar Manster. Ajudado por Finn e um bando crescente de rebeldes, ele resgata Nanna e a Mareeta controlada pelo inimigo, e derrota as forças de Raydrik e Veld, um sacerdote de alto escalão da Seita Loptyr, enquanto eles retomam Manster e libertam o norte da Trácia. As forças de Leif finalmente enfrentam Raydrik em batalha, mas após sua derrota, Veld o transforma em um monstro morto-vivo chamado Deadlord Mus. Leif destrói Mus, mata Veld e cimenta suas forças defendendo Manster e o norte da Trácia do exército de Grannvale.
