Há muito tempo, o continente de Archanea foi invadido pelo Império Dolhr, liderado pelo Shadow Dragon Medeus. Anri, um jovem de Altea, derrotou o Shadow Dragon usando a espada divina Falchion. O Reino de Archanea foi restaurado e o mundo entrou em uma era de paz. No entanto, 100 anos depois, Medeus é ressuscitado pelo malvado feiticeiro Gharnef, que conquistou o estado-mago de Khadein. Os dois formam uma aliança com os reinos da Macedônia e Grust para conquistar o mundo. Cornelius, o rei de Altea e sucessor de Anri, assume Falchion e parte para combatê-los, deixando seu filho Marth e filha Elice sob os cuidados de um bastião tripulado pelo aliado de Altea, Gra. No entanto, Gra trai Altea para Dolhr; Cornelius é morto, Falchion é roubado e Elice se sacrifica para que Marth possa escapar. Acompanhado por um punhado de cavaleiros, ele se refugia na nação insular de Talys. Vários anos depois, Marth repele uma invasão pirata de Talys, levando seu rei a concluir que ele está pronto para lutar contra Dolhr; ele envia Marth com vários de seus homens mais confiáveis e sua filha, a princesa Caeda. Marth primeiro resgata o reino de Aurelis e pede a ajuda do irmão mais novo de seu rei, Duque Hardin e seus retentores. Ele conhece a princesa Nyna, a última sobrevivente da família real Archaneana e líder da resistência contra Dohlr. Ela lhe dá o Fire Emblem, um tesouro lendário dado ao herói destinado a salvar o mundo. Os dois marcham para Archanea e o libertam das garras de Grust. Depois de invadir Khadein brevemente em busca de Falchion, Marth retoma Altea. Ele descobre que sua mãe foi morta na invasão e que Gharnef está mantendo Elice prisioneira. Marth em seguida luta contra Grust e seu principal general, Camus, que resgatou Nyna da execução nas mãos de Dohlrian; ele escolhe defender sua honra como cavaleiro de Grust, e Marth é forçado a derrotá-lo. Marth é contatado por Gotoh, um sábio velho sábio, que o informa que Gharnef empunha o tomo Imhullu, tornando-o invencível; a única coisa capaz de derrotá-lo é a magia de Starlight. Gotoh envia Marth ao Fane de Raman para encontrar os materiais necessários para criar Starlight; ele também resgata o dragão divino, Tiki. Marth então invade a Macedônia e depõe o tirânico Rei Michalis com a ajuda da irmã de Michalis, Minerva. Lá, Gotoh reforja Starlight. Marth invade Khadein mais uma vez, derrota Gharnef, recupera Falchion e resgata Elice. Ele então segue para Dohlr, luta e derrota Medeus, devolvendo a paz à terra. Se Caeda sobreviveu aos eventos do jogo, ela e Marth declaram seu amor um pelo outro.
