Bubsy 3D é o quarto jogo Bubsy até hoje e o único título em 3D; o jogo foi lançado em 1996 para o console de videogame PlayStation. É uma continuação do original em termos de história e acontece no planeta natal dos Woolies, Rayon. Bubsy 3D tem 16 níveis principais e dois níveis de chefe e o objetivo do personagem principal é derrotar as duas rainhas de Rayon, Poly e Esther. O jogador pode coletar foguetes, assim como átomos, para eventualmente escapar do planeta Rayon. Os gráficos são muito simplistas, mesmo para a época, com uma névoa densa que cobre níveis inteiros ao longo do jogo. Bubsy fala ativamente ao longo do jogo com base em várias ações realizadas pelo jogador. Lançamentos planejados para o Sega 32X e Sega Saturn foram cancelados.
Bubsy 3D foi criticado por ambos os críticos devido aos seus confusos esquemas de controle e ângulos de câmera. Ele foi apresentado na lista EGM Crapstravaganza: Os 20 Piores Jogos de Todos os Tempos da Seanbaby, bem como em oitavo lugar na lista dos 10 Melhores e Piores Jogos de 2006 da GameTrailers, onde foi descrito como "um clone terrível, terrível".
