Há quatro modos de jogo em *Atomic Punk*: dois para um jogador e dois para vários jogadores.
**Solo:**
**“Game A”** (conhecido como “Bomber Boy” na versão japonesa) é parecido com outros jogos da série, mas tem algumas diferenças. Os aprimoramentos, chamados de painéis, geralmente são obtidos em cada fase e mantidos nas seguintes. Também é possível comprá-los em uma loja usando GP, que é recebido de acordo com o tempo gasto para concluir uma fase e a quantidade de blocos destruídos. No início de cada rodada, o jogador escolhe quais painéis usará para concluí-la. Outra diferença é que a progressão linear do jogo original — em que o jogador avança de fase após concluir cada uma — foi substituída por um mapa-múndi com nove localidades.
O segundo modo de jogo, **“Game B”** (conhecido como “Bomber Man” na versão japonesa), é igual ao do *Bomberman* original, mas a área da fase é quadrada, em vez de retangular, e a tela fica sempre centralizada no Bomberman, sem rolar quando ele toca uma das bordas.
**Versus:**
**Modo Painel**, no qual os jogadores começam podendo posicionar apenas uma bomba por vez, com alcance de explosão de uma unidade. Nele, aparecem os painéis Bomb Up e Fire Up.
**Modo Poderoso**, no qual os jogadores podem posicionar quatro bombas por vez, com alcance de explosão de quatro unidades. Nele, não aparecem painéis.
