Area 51 é o único jogo de tiro em 1ª pessoa repleto de ação ambientado nas instalações militares mais secretas e seguras do governo dos EUA. O Exército dos EUA recebeu um sinal de socorro da Área 51, onde um surto viral acabou de fechar as instalações de pesquisa e os procedimentos automatizados de quarentena trancaram todo o pessoal científico e militar dentro. Uma pequena unidade das Forças Especiais liderada pelo especialista Ethan Cole da Divisão HAZMAT (materiais perigosos) é enviada para investigar.
Como Cole, os jogadores mergulharão em cinco níveis enormes dentro dos limites da Área 51, descobrirão um efeito colateral mutagênico do vírus que controla as mentes dos infectados, bem como uma antiga colônia alienígena enterrada sob a instalação. Com uma infinidade de armas humanas e alienígenas, os jogadores devem explorar conspirações assustadoras, como o acidente extraterrestre em Roswell e o pouso lunar falso, a fim de resolver os enigmas da Área 51 antes que o mutagênico viral seja liberado e transforme irrevogavelmente toda a vida na Terra.
