A sequência de Zone of the Enders é baseada em combate mecha com o jogador mais uma vez controlando o "Orbital Frame" Jehuty. Ao contrário de seu prequel, o jogo agora é centrado em elementos de ação com o jogador não precisando proteger civis em necessidade e, em vez disso, Jehuty contém mais armas do que no jogo anterior.
A trama se passa dois anos após os eventos de Zone of the Enders e se concentra em Dingo Egret, um ex-membro da organização militar de Marte BAHRAM, cujo líder Ridley "Nohman" Hardiman quer de volta com ele. Nohman atira em Dingo após sua rejeição, mas o agente Ken Marinaris salva Dingo conectando seu corpo a Jehuty e as forças para trabalhar para derrotar o BAHRAM. O jogo teve um novo diretor, Shuyo Murata, que o produtor Hideo Kojima nomeou para proporcionar uma experiência diferente. A equipe trabalhou para cobrir as críticas que o Zone of the Enders original recebeu, resultando em The 2nd Runner tendo mais elementos de ação.
O jogo recebeu uma resposta crítica geralmente favorável devido às melhorias que possui em comparação com o jogo anterior. Os críticos elogiaram os gráficos e os elementos de jogabilidade do jogo, mas criticaram sua curta duração e apresentação. Apesar da reação crítica positiva, o jogo sofreu vendas medíocres. Em 2012, The 2nd Runner foi lançado no PlayStation 3 e Xbox 360 como parte da Zone of the Enders HD Collection.
