Uma luz brilhante disparou da Torre Darm no final do primeiro Ys, e Adol Christin é acordado por uma jovem que o encontra caído no chão. Ela se apresenta como Lilia e avisa a Adol que ele está na terra de Ys. Finalmente ele conseguiu estabelecer uma conexão entre o seu mundo e esta terra misteriosa! Mas encontrar a porta de entrada para Ys não é suficiente: Adol deve deter uma entidade maligna a quem seu arquiinimigo Dark Fact servia. E seus inimigos já sabem onde ele está. Ys II: Ancient Ys Vanished - The Final Chapter é uma sequência direta de Ys: The Vanished Omens. O jogo continua a utilizar o estilo de combate RPG de ação do primeiro jogo, que exige que o jogador faça o protagonista correr contra o inimigo para causar danos, sem a necessidade de apertar um botão de ataque. O jogador deve escolher cuidadosamente os ângulos e a medida de contato com o inimigo, caso contrário o herói será morto. O personagem do jogador pode (e deve) subir de nível, realizar missões para os moradores da vila, reunir dinheiro e atualizar armas e inventário, como na maioria dos outros RPGs. A sequência oferece uma missão mais longa do que a primeira e adiciona um arsenal mágico às habilidades de Adol. Entre os feitiços mágicos está um ataque de fogo, um feitiço de parar o tempo e uma habilidade de transformação que permite a Adol se passar por um monstro e conversar com os inimigos. Feitiços mágicos esgotam a barra de pontos mágicos de Adol.
