Em Yoshi Topsy-Turvy, a Ilha do Yoshi foi transformada em um livro ilustrado. Yoshi não vai aceitar essa tentativa absurda de achatar seu mundo e parte em uma aventura para fazer tudo voltar ao normal. Para ajudá-lo em sua jornada, um grupo de espíritos que gostam de surpreender as pessoas dá a Yoshi o poder de girar o mundo como quiser. O grande diferencial de Yoshi Topsy-Turvy é o uso de um sensor de movimento, semelhante ao que seria incluído no segundo jogo de WarioWare para GBA. O cartucho do jogo conta com um sensor de movimento integrado, que detecta como você movimenta o sistema GBA. Ao girar o aparelho, você faz o mundo girar. Um medidor no canto superior direito da tela mostra a posição do aparelho a qualquer momento. Gire o sistema para ajudar Yoshi a se manter no caminho, superar perigos e atravessar as diferentes fases.
Incline com vontade! Ao inclinar seu Game Boy Advance, você inclina o ambiente ao redor de Yoshi, derruba inimigos, balança pêndulos e permite que Yoshi corra pelas paredes e salte sobre enormes abismos! Será que esse final será feliz? Toda a Ilha do Yoshi está presa em um livro de histórias, e só será possível vencer ao superar os desafios de cada capítulo. Colete moedas, derrote inimigos ou corra até a linha de chegada para cumprir os objetivos de cada fase.