Assim como seu antecessor, Yo-kai Watch 2 é um RPG de mundo aberto, onde o jogador recebe o controle do personagem Nathan Adams, ou alternativamente, Katie Forester. Os jogadores navegam pelo mundo aberto usando a tela sensível ao toque do Nintendo 3DS para encontrar e fazer amizade com vários Yo-kai, que estão espalhados pelo mundo superior. Os jogadores fazem amizade com Yo-kai dando a eles uma comida que eles gostam antes de começar a batalha, e depois de derrotar o Yo-kai, ele se aproxima do personagem do jogador e dá a ele sua Medalha Yo-kai, permitindo que ele seja invocado à vontade. Um novo recurso nas batalhas é usar a tela sensível ao toque para encontrar um ponto ideal específico em um Yo-kai inimigo para aumentar a probabilidade de fazer amizade com ele no final da batalha, ou outros pontos ideais para dano extra, dinheiro extra ou experiência extra. Yo-kai também pode ser adquirido por meio de um Crank-a-kai (Gasha Machine) no jogo coletando moedas no jogo ou usando Play Coins. Certos Yo-kai são necessários para completar a missão principal do jogo, e Yo-kai raros especiais são adquiridos por meio de várias submissões. Yo-kai têm a capacidade de evoluir para versões mais poderosas de si mesmos se atingirem um certo nível, ou podem evoluir combinando-se com itens específicos ou outros Yo-kai. Os Yo-kai são divididos entre oito classes diferentes, cada uma com seus próprios pontos fortes e fracos. Há também Yo-kai lendários que só podem ser obtidos coletando um conjunto específico de Yo-kai listados no Yo-kai Medallium, um compêndio dos diferentes Yo-kai que o jogador encontrou ou fez amizade. Quando o jogador encontra um Yo-kai, ele entra em batalha com ele usando seis Yo-kai que o jogador fez amizade anteriormente. A tela sensível ao toque é usada durante as batalhas para alternar entre os Yo-kai do jogador na batalha à vontade. Também é usado para limpar efeitos de status no Yo-kai do jogador ou para carregar as habilidades Soultimate do Yo-kai. Enquanto o Yo-kai Watch original apresentava quase 250 Yo-kai, o Yo-Kai Watch 2 apresenta quase 450, incluindo vários que eram apresentados como chefes no jogo original.
