Rune Factory 2 se passa vários anos após o primeiro jogo. O maligno Império Sechs foi derrotado, e o Reino de Norad voltou a viver em paz. No entanto, talvez as coisas não continuem assim por muito tempo, pois presságios sombrios anunciam perigos que estão por vir. Cabe ao jogador descobrir a origem desses presságios e trazer a paz de volta ao reino.
Pela primeira vez na série Rune Factory, a história de Rune Factory 2 se estende por várias gerações. Os jogadores começam a aventura como Kyle, um homem misterioso que chega à Vila de Alvarna. Com o tempo, eles assumem o papel do filho de Kyle, dando início a uma aventura totalmente nova.