Nesta aventura, você será transferido da Academia Naranja para sua escola-irmã, a Academia Blueberry. Ao contrário da Academia Naranja, com sua longa e rica história, esta escola foi fundada apenas recentemente e tem foco no ensino de batalhas Pokémon. O que há de único na Academia Blueberry é que grande parte dela fica, na verdade, no mar! Assista às aulas, conviva com os estudantes locais e vivencie uma nova vida escolar que é tudo, menos comum.
- Você precisa ter concluído o final de Pokémon Scarlet e a Parte 1: The Teal Mask para acessar a história principal da Parte 2: The Indigo Disk.