Situado em 1996, Megami Ibunroku Persona gira em torno do protagonista e seus colegas na St. Hermelin High School em Mikage-cho (Lunarvale in Revelations: Persona). Hidehiko Uesugi fala com todos os seus amigos para jogar um jogo chamado "Persona", que é jogado muito parecido com o jogo ritual "Bloody Mary".
Enquanto jogam, os alunos perdem a consciência e encontram Philemon, que lhes dá a capacidade de convocar reflexões de suas personalidades, conhecidas como Personas. Pouco tempo depois, o protagonista e vários de seus amigos vão visitar Maki Sonomura, que está doente e de cama. Durante a visita, eles descobrem que a cidade está mudando e os demônios estão vagando pelas ruas. A mãe de Maki, engenheira do SEBEC, conta à festa que o culpado pelo incidente é Takahisa Kandori, presidente da empresa. Depois de levar a mãe de Maki para a escola (o único lugar da cidade a salvo de demônios), as ações do protagonista decidem o rumo da história. Se o protagonista optar por ir atrás de Kandori, iniciará o Capítulo SEBEC, que é o enredo principal do jogo. Alternativamente, o protagonista pode optar por investigar uma série de incidentes que ocorreram na escola há oito anos e iniciar a Snow Queen Quest, um enredo alternativo não relacionado ao incidente do SEBEC.
