Ambientado dois anos e meio após os acontecimentos da série clássica de Naruto, Naruto Shippuden: Ninja Council 4 apresenta aos fãs personagens mais velhos, enquanto a história avança e se desenrola com inúmeras reviravoltas. O jogo também permite acompanhar Naruto e seus amigos, agora mais velhos, em uma missão para salvar Gaara da sinistra organização Akatsuki. Os jogadores podem escolher seus aliados e formar um esquadrão de três integrantes, que usa técnicas especiais de jutsu para enfrentar os perigos que se aproximam. Tanto os fãs mais dedicados da franquia quanto os novos combatentes de Naruto podem usar a tela sensível ao toque para liberar seus ataques exclusivos de jutsu e enfrentar qualquer um que cruzar seu caminho. Como bônus, os jutsus desbloqueáveis permitem que ninjas aspirantes explorem áreas antes inacessíveis.