Naruto: Ninja Council 3 é o quarto jogo da série Ninja Council para Nintendo DS. Conteúdo relacionado a personagens, como Kimimaro, os ataques especiais do Sound 4 e suas próprias formas alternativas são alterados ou removidos nas versões internacionais. O jogo inclui um cartão Naruto CCG como um bônus adicional. Possui um modo "Filme", que permite aos jogadores assistir a técnicas secretas. Na Europa, foi lançado pela Nintendo como Naruto: Ninja Council European Edition.
Naruto: Ninja Council 3 tem uma jogabilidade semelhante aos dois últimos jogos da série. As missões acontecem em um pequeno mapa. A tela sensível ao toque serve tanto como um mapa quanto como um local para realizar diferentes jutsus. Animais e ninjas são os adversários típicos do jogo. Em certas missões, o jogador tem que lutar contra chefes, que geralmente são os antagonistas da série, incluindo Ino. Durante as missões, o jogador tem que derrotar o oponente sob várias condições (por exemplo, ter a saúde do personagem cortada pela metade, proteger um aliado, usar um certo movimento para nocautear o oponente, etc.)
