Em Mystic Messenger, o jogador assume o papel de uma personagem feminina cujo nome pode ser alterado e não possui um nome padrão. A personagem principal, frequentemente chamada de MC, heroína ou simplesmente protagonista, baixou um aplicativo misterioso que a leva a morar em um apartamento fechado e seguro de propriedade de alguém chamado Rika, que também é fundadora de uma organização de caridade conhecida como RFA (Rika's Fundraising Association). Lá, ela conhece 6 novas pessoas (os membros restantes da RFA) e é encarregada de organizar a terceira festa que os membros da RFA tanto almejam, convidando pessoas. A protagonista pode escolher um entre 5 interesses amorosos disponíveis, cada um com sua própria trajetória e histórico, além de desenterrar a verdade por trás da RFA.