Em Mega Man ZX Advent, os protagonistas descobrem o poder do misterioso “Biometal Modelo A”, que possui vários ataques próprios e também uma habilidade especial chamada Megafusão, que permite ao personagem se transformar em um dos oito chefes Pseudoroides, cada um com um conjunto único de habilidades. Depois de derrotar um chefe, os jogadores podem reproduzir seus poderes para encontrar rotas secretas, descobrir itens raros e enfrentar inimigos ainda mais poderosos. O jogo aproveita ao máximo os recursos do Nintendo DS para aprimorar a jogabilidade repleta de ação e o enredo da popular série.