Este jogo contém elementos das séries Mega Man X e Mega Man Zero. Ele introduz um ambiente de jogo aberto e a possibilidade de escolher o gênero do protagonista, algo inédito na série. O personagem do jogador, Vent ou Aile, aparece em um mapa bidimensional com sprites e enfrenta inimigos para concluir as missões. Ao obter um Biometal, Vent ou Aile pode mudar de forma e ganhar várias habilidades, como golpes carregados ou a capacidade de imbuir a arma com o elemento daquele Biometal. Por exemplo, o Biometal H imbui a arma com eletricidade. Enquanto estiver em uma forma especial, o uso das habilidades exclusivas dela consome energia da arma. Ao obter a outra metade do Biometal, Vent ou Aile pode executar uma habilidade especial diferente.