Mega Man Star Force se passa no ano fictício de 220X, duzentos anos após o desfecho da série Mega Man Battle Network, quando a ênfase na tecnologia da internet diminuiu. Em vez disso, o mundo passou a ser conectado por meio de Ondas EM. Embora os mundos cibernéticos e os NetNavis ainda existam em Star Force, a dependência das pessoas em relação a eles diminuiu muito, e elas já não têm companheiros Navi, contando, em vez disso, com os Transers.
Três grandes satélites orbitam a Terra — Pegasus, Leo e Dragon — e alimentam o Mundo das Ondas EM, que existe ao redor da atmosfera terrestre, mantendo o mundo conectado. Embora o Mundo das Ondas EM normalmente seja invisível a olho nu, um dispositivo especial chamado Visualizador — usado pelo protagonista da série — permite que as pessoas enxerguem esse outro mundo. No entanto, assim como nos mundos cibernéticos de Battle Network, vírus de Ondas EM habitam esse mundo e causam problemas no dia a dia.