Mega Man Star Force se passa no ano fictício de 220X, duzentos anos após o desfecho da série Mega Man Battle Network. Nesse período, a importância da tecnologia da internet diminuiu e, em vez disso, o mundo passou a ser conectado por meio de Ondas EM. Embora os mundos cibernéticos e os NetNavis ainda existam em Star Force, a dependência das pessoas em relação a eles diminuiu muito, e elas já não têm companheiros Navi, passando a depender dos Transers.
Três grandes satélites orbitam a Terra — Pegasus, Leo e Dragon — e alimentam o Mundo das Ondas EM, que envolve a atmosfera terrestre, mantendo o mundo conectado. Embora esse mundo normalmente seja invisível a olho nu, um tipo especial de óculos chamado Visualizador — usado pelo protagonista da série — permite que as pessoas enxerguem essa outra realidade. No entanto, assim como nos mundos cibernéticos de Battle Network, vírus de Ondas EM habitam o Mundo das Ondas EM e causam problemas no cotidiano.