Mega Man Star Force se passa no ano fictício de 220X, duzentos anos após o final da série Mega Man Battle Network. Nesse período, a ênfase na tecnologia da internet diminuiu e, em vez disso, o mundo passou a ser conectado por meio de ondas EM. Embora os mundos cibernéticos e os NetNavis ainda existam em Star Force, a dependência humana deles diminuiu bastante, e as pessoas já não têm companheiros Navi, recorrendo, em vez disso, aos Transers. Três grandes satélites orbitam a Terra — Pegasus, Leo e Dragon — e alimentam o Mundo das Ondas EM, que existe ao redor da atmosfera terrestre, mantendo o mundo conectado. Embora o Mundo das Ondas EM normalmente seja invisível a olho nu, um equipamento especial chamado Visualizador, que o protagonista da série possui, permite que uma pessoa veja esse outro mundo. Porém, assim como nos mundos cibernéticos de Battle Network, vírus de ondas EM habitam o Mundo das Ondas EM e causam problemas no dia a dia.