Vários meses se passaram após salvar a Terra do ataque da Academia Alius (em Inazuma Eleven 2), Mark Evans e seus companheiros de equipe são convocados por Seymour Hillman para se reunirem na Raimon Jr. High. Quando a equipe chega à escola, eles veem rostos familiares de jogadores de futebol nacionais do Japão que já lutaram com eles, como Xavier Foster e Jordan Greenway, originalmente da Academia Alius, bem como novos rostos. Hillman reuniu todos esses melhores jogadores de futebol do Japão com um propósito; entrar na "Fronteira Internacional do Futebol (FFI)". Dando as boas-vindas a Mark Evans como capitão da seleção nacional do Japão, eles agora se esforçam para desafiar os melhores times de futebol de todo o mundo!