No outono de 2007, a Square Enix Co., Ltd. anunciou que criaria um remake de Front Mission 2089 para o Nintendo DS e o batizou de Front Mission 2089: Border of Madness. O produtor de jogos Koichiro Sakamoto indicou que uma pesquisa com fãs da série mostrou que a maioria não jogava em seus celulares, e então a Square Enix decidiu trazê-lo para o Nintendo DS. Este remake de Front Mission 2089 apresentou visuais completamente refeitos, novas artes de personagens, novos eventos de cut-scene, uma história reescrita, novos cenários de jogo e novos mapas de batalha. Também foram incorporados ao jogo recursos de tela sensível ao toque e uma interface revisada para controles de touchpad mais intuitivos. Da mesma forma, várias mecânicas de jogo de outras entradas de Front Mission, como revestimento de armadura e ataques vinculados, foram adicionadas a Front Mission 2089: Border of Madness. O modo multijogador teve que ser abandonado devido a problemas de espaço no Nintendo DS.