Um ano após os acontecimentos de FINAL FANTASY XII, o jovem protagonista Vaan cruza os céus de Ivalice acompanhado de sua confiável navegadora, Penelo. Suas aventuras em busca de tesouros os levam ao continente flutuante de Lemurés, onde conhecem Llyud, membro da raça aegyl. Esse misterioso povo alado vive no continente flutuante há séculos, mas uma perturbação permitiu que piratas dos céus em busca de tesouros invadissem seu território, antes oculto. Cabe a Vaan e seu grupo de jovens piratas dos céus enfrentar os invasores e defender esse mundo extraordinário e seu povo.