Mil anos se passaram desde os eventos do Final Fantasy: Crystal Chronicles original. A destruição do Cristal Yuke durante a Grande Guerra, que aparentemente levou à aniquilação da Tribo Yuke, finalmente garantiu aos Lilties vitoriosos o domínio do mundo. Eles o conduziram a uma nova era de ciência e razão por meio de máquinas chamadas “reatores de cristal”, proibindo o uso da magia e governando os Clavats e os poucos Selkies que se submeteram à nova ordem. Nessa nova era de desequilíbrio, existe uma rara categoria de seres poderosos chamados “portadores de cristal”, cujas habilidades aparentemente mágicas fizeram com que fossem temidos e desprezados pelo público.