O malvado pirata espacial Krater escapou da Prisão do Planeta e está destruindo a galáxia mais uma vez. Comit e Jupi devem mais uma vez deter Krater antes que seja tarde demais. Comit in Krater Returns é um jogo de plataforma onde você correrá, pulará e abrirá caminho por vários estágios, coletando itens, esmagando inimigos e salvando o universo novamente. Colete 5 Estrelas Vermelhas em uma fase para ir para a fase bônus, onde você joga como Jupi em uma área semelhante a um labirinto cronometrado. É a única maneira de desbloquear o Meta Comit. Novos itens incluem escudos para uma camada extra de proteção, corações para reabastecer a saúde, relógios para aumentar os novos sistemas de limite de tempo e fragmentos lunares que podem aumentar seu sistema máximo de saúde. A novidade no jogo são pontuações altas e corridas rápidas para competir com a comunidade ou para obter recordes pessoais.