Bomberman se une novamente a Max para enfrentar o maligno Mujoe. Mas, antes que tenham a chance, Mujoe vira o jogo e transforma os heróis em criaturinhas minúsculas. Agora, os dois precisam usar seus poderes de bombardeio e percorrer as fases, explodindo obstáculos e inimigos até chegar à saída. Por fim, terão de destruir o dispositivo e voltar ao tamanho normal.
Como em todos os títulos anteriores da série Bomberman, o objetivo do jogo é plantar bombas para destruir tudo o que estiver dentro do alcance da explosão. Personagens Charabomb podem ser encontrados durante a partida para aumentar seus poderes. Você também pode batalhar contra um amigo e trocar personagens no modo de conexão.