Em Bomberman 2 DS, os jogadores podem personalizar seu próprio Bomberman com diferentes partes do corpo, cada uma oferecendo vantagens variadas nos atributos. Elas são desbloqueadas à medida que o jogador avança no modo história principal, no qual resolve quebra-cabeças e derrota inimigos. No modo multijogador, até quatro jogadores podem se enfrentar usando seus próprios Bombermen personalizados. Bomberman 2 também traz o clássico modo multijogador em estilo arcade de Bomberman DS e Bomberman Story DS, com suporte para até oito jogadores em rede local e, no máximo, quatro jogadores via Wi-Fi.