O ano é 2016. A humanidade foi reduzida a alguns sobreviventes que habitam a estação espacial orbital Omega. Ao longo da história, os alienígenas visitaram a Terra a cada vinte e cinco anos, "colhendo" humanos como material orgânico. Eventualmente, eles lançam um ataque aos últimos remanescentes da raça humana. Mas Adam Drake, um soldado geneticamente modificado, adquire um dispositivo de viagem no tempo. Ele o usa para viajar para os períodos da história humana em que os alienígenas realizaram seus ataques mortais. O destino da humanidade está em suas mãos.
Body Harvest é um jogo de ação e direção com uma estrutura baseada em missões. O protagonista viaja para vários locais e épocas (por exemplo, Grécia durante a Segunda Guerra Mundial, Sibéria na década de 1990, etc.) com o objetivo de impedir invasões alienígenas. As missões podem ser acessadas viajando para áreas específicas no mapa. Adam pode se mover a pé e usar suas armas para matar alienígenas; no entanto, os veículos geralmente provam ser uma maneira mais confiável de enfrentar a maioria das missões. Adam pode usar a maioria de suas armas enquanto estiver em um veículo; além disso, alguns veículos são equipados com suas próprias armas.
