O jogo é uma versão melhorada do jogo Bionic Commando, lançado anteriormente para a plataforma Nintendo. Dois estados, a Federação e o Império, competem entre si. Um dos trunfos deste jogo é o projeto "Albatross", que a princípio se sabe apenas que esta super arma. A Federação suspeita que o Império esteja trabalhando neste projeto e em breve o terminará. A Federação envia um herói nacional chamado Super Joe para interromper o plano. Mas Super Joe falha na missão e se torna um prisioneiro.
O destacamento liderado por Nathan Spencer vai ajudar Joe. Nathan é mais afortunado, ele gradualmente aprende sobre o projeto "Albatroz" cada vez mais - no final, o objetivo do projeto era a ressurreição de Adolf Hitler. Além disso, o projeto está concluído e Hitler já ganhou vida. Nathan terá que destruir Hitler novamente. A jogabilidade consiste em mover o herói através dos níveis e destruir os inimigos. Nathan tem uma mão biônica - adiciona novidade e variedade ao jogo.
Nathan com esta mão pode percorrer os níveis para chegar aos chefes e fazer a transição para o próximo nível, e obter acesso a bônus. Por outro lado, como a mão é muito pesada, o herói não pode pular. O tema dos dispositivos biônicos é a base dos quebra-cabeças, que também estão presentes no jogo.
