Behind Enemy Lines é um jogo de tiro em primeira pessoa onde o jogador controla uma metralhadora montada em um jipe que atravessa o território inimigo. O jogo consiste em quatro missões que envolvem a infiltração e destruição de várias instalações inimigas. O cenário é moderno e os inimigos incluem simples soldados de infantaria, veículos leves como jipes, Humvees e veículos pesados como tanques e helicópteros. Como em outros rail shooters, o controle do jogador é limitado a mover a mira e atirar, enquanto o movimento é automático. A arma principal é uma metralhadora que pode disparar balas e mísseis. Não há recarga e não é possível ficar completamente sem munição, mas se o contador de munição ficar muito baixo, a taxa de disparo diminuirá. Portanto, mais munição deve ser coletada destruindo caixas de munição. Os mísseis também devem ser coletados destruindo caixas. No entanto, só podem ser utilizados em determinados alvos pesados, como helicópteros e tanques e ao apontar para estes o míssil irá travar automaticamente no alvo e o jogador só tem de lançá-lo pressionando o botão direito. O combustível também pode ser coletado batendo nos tambores de combustível. Se o suprimento de combustível do veículo acabar, o jogador receberá uma penalidade de pontuação. O jogo pode ser jogado por um ou dois jogadores, cada um controlando uma metralhadora.
