Bahamut Lagoon combina mecânicas de RPG com combate em equipe. Os personagens têm HP, MP (SP para personagens lutadores), EXP, equipamento, atributos e habilidades elementais especiais específicas de classe, que drenam SP, muito parecido com RPGs tradicionais de console. O jogador pode explorar os arredores, conversar com pessoas e visitar lojas quando não estiver em batalha, embora em grau limitado, pois não há mapa-múndi nem como sair da área atual.
O núcleo do jogo são as batalhas por turnos, travadas em uma grade 2D. Os personagens são reunidos em grupos de quatro e o jogador pode ter no máximo seis grupos, que geralmente estão em grande desvantagem numérica. Os dois lados opostos atuam em turnos alternados para que cada grupo possa se mover uma vez e/ou atacar uma vez por turno. Os ataques são divididos em combate à distância e combate corpo a corpo. No primeiro, um grupo usa uma habilidade especial (por exemplo, lançar bolas de fogo, lançar raios, curar aliados) de um de seus membros à distância. O alcance e o possível dano em área de efeito variam de acordo com a habilidade. Se o grupo atacante tiver dois ou mais personagens com a mesma habilidade, eles se juntam à ação para multiplicar sua eficácia. O combate à distância resulta em menos dinheiro e geralmente menos dano, mas o alvo não pode retaliar. Ataques à distância também podem afetar o campo; fogo e gelo incendeiam ou extinguem florestas e derretem ou congelam gelo, etc. Em close-up, cada unidade em dois grupos opostos adjacentes pode agir uma vez. Muito parecido com o combate de Final Fantasy SNES, eles podem atacar um inimigo, usar um item ou uma habilidade especial (embora estes não possam ser combinados e a maioria afete apenas um alvo em vez de todos) ou se defender.
Dragões são o trunfo do jogador. Eles têm suas próprias estatísticas e ganham experiência como personagens normais. Em batalha, cada grupo tem um dragão anexado a si e extrai grande parte de sua força da força do seu dragão: se o dragão de um grupo for morto, o grupo perderá a capacidade de usar ataques especiais e habilidades específicas de classe pelo restante do mapa. A fera atua como uma unidade autônoma muito poderosa que se move após o grupo e não pode ser controlada além de comandos muito simples, como "Venha!". Fora da batalha, os dragões comem qualquer coisa, e criá-los alimentando-os com itens é uma parte importante do jogo. Alimentar-se pode melhorar suas estatísticas, bem como afetar seu comportamento em campo, e os dragões se desenvolvem em novas formas à medida que crescem.
O jogador pode alterar os personagens de cada grupo, sua formação e o dragão que os representa à vontade.
