Atelier Meruru Plus: The Apprentice of Arland adiciona novos elementos de desenvolvimento de terras ao sistema de RPG e simulação, fornecendo profundidade e jogabilidade adicionais nesta aventura no estilo anime. Além disso, conteúdo e recursos extras são embalados, incluindo novos trajes, novos finais e todos os DLC da versão PS3. Um ano após os eventos de Atelier Totori: The Adventurer of Arland, a história começa no Reino de Arls, uma pequena nação no extremo noroeste da República de Arland. O reino pitoresco não tem a maquinaria e a alquimia altamente desenvolvidas da nação maior, mas está, no entanto, pronto para se juntar à República. No entanto, muitos obstáculos devem ser superados primeiro. Para minimizar as críticas dos partidos de oposição, Arls propõe um projeto de desenvolvimento para aumentar sua influência. Para começar, vários aventureiros qualificados são enviados para Arls de Arland, incluindo o alquimista Totori Helmold, a estrela de Atelier Totori. Meruru, Princesa de Arls, manobra para se tornar aprendiz de Totori com aspirações de se tornar uma alquimista por direito próprio. A missão de Meruru é desenvolver seu reino antes que Arls se torne parte de Arland. Contando com a ajuda de seus amigos, Meruru sintetizará, explorará, construirá e batalhará para criar um reino maior e melhor.