Ao longo do Ace Combat 6, o jogador deve pilotar um caça ou outra aeronave para destruir inimigos no ar e no solo. Como um jogo de vôo arcade, ele simplifica os controles de vôo e dá ao jogador uma grande quantidade de balas, mísseis e outras armas, colocando-os contra uma quantidade muito grande de forças inimigas. Além de mísseis e um canhão vulcano, o jogador pode equipar armas especiais, como mísseis guiados por calor, bombas, lançadores de foguetes e outros. O jogador pode bloquear vários inimigos e ajudar diferentes esquadrões táticos alternando entre suas respectivas leituras de HUD.
O jogo inclui 4 modos multijogador padrão: Battle Royale, Siege Battle, Team Battle e Co-Op Battle. No Battle Royale, o modo básico de jogo Deathmatch, até dezesseis jogadores se matam para ganhar os pontos mais altos no limite de tempo. Em Team Battle, um jogo básico de Team Deathmatch é criado. Os pontos são concedidos com base no tipo de aeronave destruída. Um tipo único de jogo multiplayer, Siege Battle é jogado com duas equipes, Atacando e Defendendo. A equipe atacante tenta destruir o alvo (geralmente fortemente defendido por flak) dentro do limite de tempo. A equipe defensora tenta parar seu ataque. O modo de batalha cooperativo consiste em duas missões para um jogador sem IA que podem ser jogadas com até três outros jogadores.
