A vertente Naruto Shippuden dos jogos de Naruto acompanha a fase em que o protagonista retorna mais velho e enfrenta ameaças cada vez maiores ao lado de seus companheiros. Os títulos da série adaptam histórias do mangá de Masashi Kishimoto e do anime, alternando entre combates e modos voltados à narrativa. Ultimate Ninja 5 e Ultimate Ninja Heroes 3 levaram essa fase a formatos diferentes, em consoles domésticos e portáteis.
A série Ultimate Ninja STORM, desenvolvida pela CyberConnect2, tornou-se uma das principais interpretações dos confrontos ninja. As lutas em arenas tridimensionais valorizam golpes especiais, substituições e confrontos entre equipes, com cenas de impacto inspiradas no anime. Os jogos também dão espaço a um elenco amplo e a sequências narrativas que recontam momentos importantes da história de Naruto.
Com o avanço dos capítulos, a série acompanhou a escalada do conflito até a guerra ninja e o desfecho da trama de Shippuden. Storm Generations reuniu personagens e momentos de diferentes fases, enquanto Storm 3 e Storm 4 deram continuidade à adaptação. Road to Boruto ampliou esse percurso com conteúdo ligado à geração seguinte. Jogos para celular, como Ultimate Ninja Blazing, levaram os personagens a formatos distintos, mostrando a variedade de abordagens dentro da franquia.
A importância da série está em traduzir uma história longa e centrada em rivalidades, equipes e técnicas especiais para estilos variados de jogo. Seus títulos permitem revisitar arcos marcantes tanto em combates diretos quanto em campanhas cinematográficas, com Naruto e seus aliados no centro da ação.
