Amnesia: The Dark Descent tem três finais diferentes, todos determinados pelas ações de Daniel na Câmara do Orbe, a área final do castelo de Brennenburg. Cada desfecho exige uma atitude específica diante do ritual de Alexander.
Depois de atravessar o castelo, resolver seus enigmas e enfrentar criaturas aterrorizantes, Daniel chega ao santuário interno de Alexander. O barão tenta abrir um portal para o mundo de onde veio, usando três pilares que canalizam energia azul. É nesse momento que o jogador define o destino dos personagens.
Final de Daniel: o final da vingança
Para chegar à Câmara do Orbe, Daniel precisa reconstruir o Orbe de Agrippa e usar o próprio sangue para romper o último selo. Ao alcançar o local do ritual, basta derrubar os três pilares que alimentam o portal.
A destruição dos pilares interrompe o ritual de Alexander. Em seguida, a Sombra surge sob o barão, que grita de dor e aparentemente é morto pela criatura. Apesar de estar presente, a entidade não ataca Daniel.
Após a sequência, uma cena mostra Daniel deixando o castelo de Brennenburg. Em sua narração, ele afirma que não se arrepende de ter fugido e interpreta o castelo como uma espécie de purgatório criado para puni-lo pelos crimes cometidos. Para ele, entregar Alexander à Sombra foi uma forma de reparar seus pecados.
Final de Alexander: o final ruim
Esse é o desfecho mais simples de obter. Na Câmara do Orbe, não faça nada e deixe o ritual continuar.
Quando Alexander desaparece, Daniel escuta os gritos dos prisioneiros de Brennenburg e a voz de Elise Zimmermann, a mulher que ele havia esfaqueado antes de tomar a poção que apagou sua memória. Logo depois, a Sombra invade a câmara e despedaça Daniel.
A tela escurece enquanto o rugido da criatura se afasta. Antes do fim, Alexander agradece a Daniel pelo sacrifício e afirma que sua contribuição será lembrada para sempre.
Final de Agrippa: o final bom
Agrippa é um personagem central da história e está preso no castelo. Daniel pode deixá-lo para trás, fazendo com que ele enfrente uma morte dolorosa pelas mãos da Sombra. Também é possível cortar a cabeça de Agrippa, mas, se ela não for usada no portal, ele provavelmente morrerá por causa dos ferimentos.
Para desbloquear o final bom, corte a cabeça de Agrippa e coloque-a no portal depois que ele for aberto, mas antes que Alexander conclua os preparativos do ritual.
Se a ação for realizada no momento correto, Alexander percebe que o plano foi arruinado. A Sombra então o mata de maneira semelhante ao final da vingança: o barão se encolhe, assume uma posição fetal e desaparece em uma névoa azul.
Daniel também parece morrer, mas luzes azuis atravessam a tela depois que tudo escurece. Nesse momento, Agrippa conversa com Weyer e pede ajuda para salvar Daniel. O destino do protagonista não é confirmado, mas o final sugere que ele pode ter morrido junto de Alexander e sido trazido de volta pelos esforços de Agrippa e Weyer.