Você assume o papel de um estudante (cujo gênero você pode escolher) ainda a bordo do voo em direção à fictícia Ilha Utsuho, no sul do Japão, local da escola mais estranha do país: Hourai High School. Este enorme complexo educacional, que abriga mais de um milhão de estudantes e funcionários (como isso é possível?), parece funcionar como um ímã para jovens estranhos e eventos sem sentido. E você tem o privilégio de um grande começo. De fato, uma aeromoça irritada decide enviar você ao seu destino por um atalho... jogando você para fora do avião com um pára-quedas.
Após um pouso forçado através de um teto, aqui está você, na Hourai High School. O ano ainda não começou e os professores já têm você na mira. No entanto, você conhecerá novos amigos em breve, principalmente os caras por trás do jornal da escola "Hourai Sports". Você ainda terá a chance de tomar o lugar do editor, mesmo sendo você quem o mandou para o hospital ao cair de cabeça. Mas o curso de seu novo ano letivo logo será interrompido pelo estabelecimento de leis escolares extravagantemente opressivas, que parecem ser manipuladas por trás do trono.
Alguns podem comparar este jogo ao Mother 2, vendo o cenário delirante e o cenário moderno. Eles não estariam totalmente errados, pois Hourai Gakuen no Bouken, mais do que seu universo atípico, compartilha com ele jogabilidade clássica de RPG e batalhas em primeira pessoa. A progressão é bem diferente, no entanto. É baseado no mapa do campus da escola, com cada uma de suas partes constituindo "aldeias" de algum tipo, e às quais o jogador deverá voltar regularmente para usar os serviços alojados nos edifícios principais. Os limites do mapa-múndi vão se alargando à medida que os capítulos que nos conduzem ao longo do ano letivo se desenrolam, e as regiões mais exóticas e menos "acadêmicas" gradualmente farão sua aparição.
