Phantasy Star Zero se passa em uma Terra alternativa 200 anos após o Great Blank, uma guerra massiva que reduziu a civilização outrora próspera a quase nada. Os únicos humanos sobreviventes trabalharam duro para existir em paz e construíram cidades prósperas. Os humanos que se aventuram pelos arredores dessas cidades, chamados de caçadores, exploram a vasta região selvagem e caçam monstros perigosos para manter as cidades seguras. Os jogadores assumirão o papel de Caçadores e selecionarão entre três tipos de raças e diferentes classes, bem como o gênero, para um total de 14 tipos de personagens personalizáveis. Cada tipo de personagem jogará de maneira muito diferente e dará aos jogadores acesso a uma grande variedade de itens, armaduras e armas. Apresentando mais de 350 armas exclusivas, os jogadores irão se aventurar na Terra, combater monstros perigosos para ganhar experiência e conhecer novos personagens principais. À medida que os jogadores exploram mais, eles desvendarão o mistério do Grande Espaço e descobrirão uma nova força perigosa que deve ser interrompida.