Esta parcela da série se passa no mundo de Fa'diel na ilha de Illusia onde, no centro da ilha, fica a famosa Árvore de Mana. Vários anos atrás, na ilha de Illusia, um evento conhecido como "grande desastre" ocorreu na base da Árvore de Mana e muitas vidas foram perdidas. Durante este evento, um bravo menino e uma menina usaram a Espada de Mana para salvar o mundo do desastre. Agora, anos depois, um grupo de órfãos decide investigar os detalhes do evento que levou tantos entes queridos para longe deles. O jogador deve viajar pelo resto dos cinco continentes de Fa'diel de Jadd, Topple, Wendell, Ishe e Lorimar para completar o jogo, viajando para os outros continentes montando Flammie de um lugar para outro usando o "Tambor Flammie".